農林水産公募中長崎県
水産業コスト縮減緊急対策事業費補助金
この補助金について
燃油や資材の価格高騰の影響を受ける長崎県内の漁業者、養殖業者、水産加工業者などが、コスト縮減や省力化のために行う施設整備や機器導入の費用を補助する県の制度です。補助率は2分の1以内（コスト縮減モデルタイプは3分の2以内）、上限は機器導入が500万円、施設・設備整備が2,000万円（魚市場の共同利用タイプは5,000万円）で、3次公募の後半は2027年1月22日（金）まで受け付けています。
2026年11月9日時点の情報
制度の概要
燃油や資材などの物価高騰の影響を受けている長崎県内の水産関連事業者が、コスト縮減、省力化、効率化のために行う施設整備や機器導入を支援する県の補助金で、国の交付金を財源としています。コスト縮減などの効果が直接的かつ速やかに現れることが明確な施設・設備や機器が対象で、効果が不明瞭な試行的な取組や、システム開発などの要素を含む実証的な取組は対象になりません。
事業種目は8つあります。漁業・養殖業の生産活動の効率化（高性能ソナー・レーダー、GPSプロッター、AI搭載型自動給餌機、水中ドローンなどのスマート機器）、海面養殖業の生産活動の効率化（省人型網洗い設備、餌用冷凍庫など）、漁船機関の長寿命化（オーバーホール）、海面養殖施設資材の長寿命化等（高耐久性の生簀枠・網など）、定置漁具の長寿命化等（網地の防汚処理）、種苗生産・陸上養殖のコスト縮減等（省エネ型水槽、高効率ボイラーなど）、加工流通分野のコスト縮減等（原料保管設備、フィレ機、スライサー、自動計量機など）、魚市場の集出荷能力の向上・効率化（フィッシュポンプ、海水冷却設備など）です。
補助率は2分の1以内で、上限は施設・設備整備の単独利用タイプが2,000万円、魚市場の卸売業者が漁業者等の受益を明示して行う共同利用タイプが5,000万円、機器導入の通常タイプが500万円です。スマート機器の導入効果を広めるモデルとして、データを試験研究機関等に提供し、教育機関と連携して講義や視察を受け入れるコスト縮減モデルタイプは、補助率3分の2以内、上限670万円です。1事業主体につき1申請（1種目）までですが、上限の範囲内で複数の機器を組み合わせることはできます。
3次公募は前半（新規申請者のみ、2026年10月23日で終了）と後半に分かれ、後半は1次・2次公募で交付決定を受けた人も含めて2027年1月22日まで受け付けますが、予算額の上限に達した時点で終了します。事業は交付決定日から2027年3月31日までに支払いまで完了させる必要があり、補助金の請求は原則として2月末までに行います。申請は電子メール、郵送または持参で、漁業・養殖業のスマート機器と海面養殖業の効率化の種目は、地域の水産業普及指導センターと計画内容を調整したうえで申請します。
枠ごとの上限額と補助率
| 枠・類型 | 上限額 | 補助率 | 対象・条件 |
|---|---|---|---|
| 施設・設備整備（単独利用タイプ） | 2,000万円 | 1/2以内 | コスト縮減、省力化、効率化のための施設・設備の整備 |
| 施設・設備整備（共同利用タイプ） | 5,000万円 | 1/2以内 | 公設市場・地方卸売市場の卸売業者が、出荷する漁業者等の受益と効果を明示して行う整備 |
| 機器導入（通常タイプ） | 500万円 | 1/2以内 | コスト縮減、省力化、効率化のための機器の導入 |
| 機器導入（コスト縮減モデルタイプ） | 670万円 | 2/3以内 | 漁業者・養殖業者・漁協などが、スマート機器を導入してデータを試験研究機関等に提供し、教育機関との連携などで効果を普及する取組 |
※ 対象になる費用は、枠によって異なります。
補助の仕組み
かかった経費のうち 補助率（1/2以内（コスト縮減モデルタイプは2/3以内）） の分が補助され、残りが自己負担です。補助額は 施設・設備整備は単独利用タイプ2,000万円、共同利用タイプ5,000万円。機器導入は通常タイプ500万円、コスト縮減モデルタイプ670万円 が上限で、上限を超えた経費は自己負担になります。
対象経費
- 機械・設備：AI搭載型自動給餌機、魚体計測装置、省人型網洗い設備、高効率ボイラー、フィレ機、自動計量機、フィッシュポンプなど、コスト縮減に効果のある設備・機器が対象
- 店舗改装・内装工事：餌用冷凍庫の改修・新設、省エネ型水槽、原料保管設備などの施設・設備の整備が対象（建物等の建設や不動産取得、設計費は対象外）
- 原材料・試作：高耐久性の生簀枠・網の導入や網地等資材の防汚処理が対象（消耗品的な部品の購入は対象外）
- 車両・運搬具：加工流通分野で導入する車両は、原則として電動式のものに限る
- パソコン・周辺機器：パソコン、タブレット、スマートフォンなど事業目的以外にも使える汎用品は対象外（導入する機器の利用のために特別な機能を持つものは対象となり得る）
チェック＝対象／三角＝条件つき／バツ＝対象外／横線＝公式サイトに記載なし。対象の範囲は、枠・申請類型によって異なります。
活用の例
たとえば、長崎県内で従業員3人を雇って魚類養殖を営む養殖業者（漁協の正組合員）が、手作業で行っている給餌と魚の成長の確認を、AI搭載型の自動給餌機と魚体計測装置に置き換える場合を考えます。給餌を機械に任せられるようになり、船を出して餌をまく回数と手間を減らせるほか、餌の量と魚の大きさを記録しながら給餌を調整しやすくなります。
機器導入の通常タイプで、自動給餌機と魚体計測装置をあわせて税抜き800万円で導入する場合、補助は2分の1の400万円です。残る400万円と、補助の対象外となる消費税80万円が自己負担になります。
スマート機器の種目は、申請前に地域の水産業普及指導センターと計画内容を調整し、複数の見積を取る必要があります。予算額の上限に達すると締切前でも受付が終わり、事業は2027年3月31日までに支払いまで終えなければなりません。機器の納期を販売店に確かめ、日程に余裕をもって申請を進めておくと、手続きが滞りにくくなります。
対象事業者
- 長崎県内に主たる事務所または事業所を置いて事業を実施すること
- 漁業者（漁業協同組合の正組合員）、養殖業者（漁協の正組合員または届出をした陸上養殖業者）、水産加工業者、公設市場・地方卸売市場の卸売業者、水産用種苗生産業者、水産業協同組合、水産加工業者の中小企業等協同組合、代表者の定めがある定置漁業を営む団体などであること
- 漁船機関のオーバーホールは、所属正組合員の取組をとりまとめて経費を助成する漁業協同組合が申請すること
- コスト縮減などの効果が直接的かつ速やかに現れることが明確な施設・設備や機器の導入であること
- 交付決定日から2027年3月31日までに、契約、納品、検査、支払いまで完了すること
- 原則として競争入札または複数の者からの見積徴取により契約すること
※ すべての条件を満たす必要があります。
対象・実施機関
- 対象
- 長崎県内に主たる事務所または事業所を置く漁業者・養殖業者（漁業協同組合の正組合員など）、水産加工業者、卸売業者、水産用種苗生産業者、水産業協同組合、定置漁業を営む団体などが対象です。漁船機関のオーバーホールは、所属正組合員の取組をとりまとめる漁業協同組合が申請します。
- 対象地域
- 長崎県
- 実施機関
- 長崎県 水産部 漁政課（事業種目ごとに漁政課・漁業振興課・水産加工流通課が担当）
申請の注意点
- 予算額の上限に達した場合は募集期間の途中でも受付が終了し、上限に達した後の申請は不受理と連絡される
- 交付決定前に着手する場合は、あらかじめ交付決定前着手届を提出し、損失の自己負担や交付額が申請額に達しない場合も異議がないことなどを承諾する必要がある
- 2027年3月31日までに支払いを含めて事業が完了しない場合は補助対象外で、補助金の請求は原則として2月末まで
- 実績報告は、事業完了日から30日以内または2027年3月31日のいずれか早い日までに提出する
- 既存設備の単純更新や同一性能の部品交換・劣化補修のみの取組（漁船機関のオーバーホールを除く）、中古品、リース・レンタル、撤去・処分費、消費税、振込手数料は対象外
- 建物等の建設や不動産取得、借地料、設計費は対象外
- 1事業主体につき1申請（1種目）まで
- 漁船機関のオーバーホールは1組合員あたり1隻までで、船外機は対象外。定置網の防汚処理は1事業主体につき1ヶ統分まで
- 交付申請に添付する見積書は参考見積で、購入時は改めて入札や見積合わせなどの正式な手続きが必要（予定額300万円以上の機器購入は3者以上の指名競争入札など）
- 漁業者・養殖業者の申請内容は、所属する漁協と共有される
- 取得した財産は管理台帳で管理し、法定耐用年数等の期間内に処分する場合は事前の承諾が必要
- 証拠書類は事業実施年度の翌年度から5年間保存する
申請の手順
計画内容の調整
スマート機器と海面養殖業の効率化の種目は、地域の水産業普及指導センターと計画内容を調整する
見積の取得
導入する施設・設備や機器の見積書を複数の者から取得する
交付申請
交付申請書、事業計画書、収支予算書、誓約書、見積書などを、事業種目ごとの担当課へ電子メール、郵送または持参で提出する
審査と交付決定
県が書面審査を行い、要件を満たすものを予算の範囲内で交付決定する
契約と事業の実施
入札や見積合わせなどの正式な手続きで契約し、施設整備や機器導入を行う
実績報告
事業完了日から30日以内に実績報告書を提出する（年度末の期限あり）
補助金の請求と入金
期限までに交付請求書を提出し、補助金の入金を受ける
成果の報告
コスト縮減モデルタイプは、翌々年度に成果報告書などを提出する
スケジュール
- 3次公募の前半2026年10月19日（月）9時から10月23日（金）17時必着（新規申請者のみ。終了）
- 3次公募の後半2026年10月26日（月）9時から2027年1月22日（金）まで（予算額の上限に達した時点で終了）
- 事業実施期間交付決定日から2027年3月31日（水）まで
- 補助金の請求原則として2027年2月末まで
- 実績報告事業完了日から30日以内または2027年3月31日のいずれか早い日まで
- 補助金の入金2027年3月
- 成果の報告（コスト縮減モデルタイプ）成果報告書は2028年8月31日（木）、コスト縮減モデルに関する報告書は2029年3月30日（金）まで
必要書類
- 補助金交付申請書（長崎県補助金等交付規則 様式第1号）
- 事業計画書（実施要綱 様式第1号）、収支予算書（様式第2号）、誓約書（様式第3号）
- 工事の施工に係る場合は実施設計書
- 法人は履歴事項全部証明書、個人は本人確認書類の写し（定置漁業を営む団体は規約と代表者の本人確認書類の写し）
- 経費の積算根拠となる見積書の写し（複数）と、見積先が1者に限られる場合はその理由書
- 導入する施設・設備や機器の性能が分かるカタログ、使用効果の資料
- 教育機関との連携協定書と、研究機関等へのデータ提供に関する誓約書（コスト縮減モデルタイプ）
- 受益範囲と効果の補足説明資料（共同利用タイプ）
- 交付申請書に添付すべき書類確認表（様式第4-1号）
